影響電泳分離的主要因素：
1. 待分離生物大分子的性質(zhì)：待分離生物大分子所帶的電荷、分子大小和 性質(zhì)都會(huì)對電泳有明顯影響。一般來說，子帶的電荷量越大、直徑越小、形狀 越接近球形，則其電泳遷移速度越快。
2. 緩沖液的性質(zhì)：緩沖液的 pH 值會(huì)影響待分離生物大分子的解離程度， 從而對其帶電性質(zhì)產(chǎn)生影響，溶液 pH 值距離其等電點(diǎn)愈遠(yuǎn)，其所帶凈電荷量 就越大，電泳的速度也就越大，尤其對于蛋白質(zhì)等兩性分子，緩沖液 pH 還會(huì) 影響到其電泳方向，當(dāng)緩沖液 pH 大于蛋白質(zhì)分子的等電點(diǎn)，蛋白質(zhì)分子帶負(fù) 電荷， 其電泳的方向是指向正極。 為了保持電泳過程中待分離生物大分子的電 荷以及緩沖液 pH 值的穩(wěn)定性， 緩沖液通常要保持一定的離子強(qiáng)度， 一般在 0.02 －0.2，離子強(qiáng)度過低，則緩沖能力差，但如果離子強(qiáng)度過高，會(huì)在待分離分 子周圍形成較強(qiáng)的帶相反電荷的離子擴(kuò)散層（即離子氛） ，由于離子氛與待分 離分子的移動(dòng)方向相反，它們之間產(chǎn)生了靜電引力，因而引起電泳速度降低。 另外緩沖液的粘度也會(huì)對電泳速度產(chǎn)生影響。
3. 電場強(qiáng)度：電場強(qiáng)度（V/cm）是每厘米的電位降，也稱電位梯度。電 場強(qiáng)度越大， 電泳速度越快。 但增大電場強(qiáng)度會(huì)引起通過介質(zhì)的電流強(qiáng)度增大， 而造成電泳過程產(chǎn)生的熱量增大。電流在介質(zhì)中所做的功（W）為：W=I2.R.t 式中：I 為電流強(qiáng)度，R 為電阻，t 為電泳時(shí)間。 電流所作的功絕大部分都轉(zhuǎn)換為熱， 因而引起介質(zhì)溫度升高， 這會(huì)造成很 多影響： 1、 樣品和緩沖離子擴(kuò)散速度增加，引起樣品分離帶的加寬； 2、 產(chǎn)生對流，引起待分離物的混合； 3、 如果樣品對熱敏感，會(huì)引起蛋白變性； 4、 引起介質(zhì)粘度降低、電阻下降等等。電泳中產(chǎn)生的熱通常是由中心向外周 散發(fā)的，所以介質(zhì)中心溫度一般要高于外周，尤其是管狀電泳，由此引起中央 部分介質(zhì)相對于外周部分粘度下降，摩擦系數(shù)減小，電泳遷移速度增大，由于 中央部分的電泳速度比邊緣快，所以電泳分離帶通常呈弓型。降低電流強(qiáng)度， 可以減小生熱， 但會(huì)延長電泳時(shí)間， 引起待分離生物大分子擴(kuò)散的增加而影響 分離效果。 所以電泳實(shí)驗(yàn)中要選擇適當(dāng)?shù)碾妶鰪?qiáng)度， 同時(shí)可以適當(dāng)冷卻降低溫 度以獲得較好的分離效果。
4. 電滲：液體在電場中，對于固體支持介質(zhì)的相對移動(dòng)，稱為電滲現(xiàn)象。 由于支持介質(zhì)表面可能會(huì)存在一些帶電基團(tuán)， 如濾紙表面通常有一些羧基， 瓊 脂可能會(huì)含有一些硫酸基，而玻璃表面通常有 Si-OH 基團(tuán)等等。這些基團(tuán)電 離后會(huì)使支持介質(zhì)表面帶電， 吸附一些帶相反電荷的離子， 在電場的作用下向電極方向移動(dòng)，形成介質(zhì)表面溶液的流動(dòng)，這種現(xiàn)象就是電滲。在 pH 值高于 3 時(shí)，玻璃表面帶負(fù)電，吸附溶液中的正電離子，引起玻璃表面附近溶液層帶 正電，在電場的作用下，向負(fù)極遷移，帶動(dòng)電極液產(chǎn)生向負(fù)極的電滲流。如果 電滲方向與待分離分子電泳方向相同，則加快電泳速度；如果相反，則降低電 泳速度。
5. 支持介質(zhì)的篩孔： 支持介質(zhì)的篩孔大小對待分離生物大分子的電泳遷移速度 有明顯的影響。在篩孔大的介質(zhì)中泳動(dòng)速度快，反之，則泳動(dòng)速度慢。
關(guān)于膠回收切膠的一點(diǎn)注意事項(xiàng)：
1. 電泳的 buffer 和 gel 都是新制的， 切膠的臺(tái)子清理干凈， 刀片最好洗凈滅菌， 總之一句話就是保證切下的帶沒有外源 dna 污染。
2. 切膠是要把整個(gè)目的片斷所在位置的膠全部回收。為了減少膠的體積，可以 用相對比較薄的膠來做，只要夠點(diǎn)樣即可，也可采用薄而寬的梳子來跑膠。
3. 關(guān)于防護(hù)，在一般有機(jī)玻璃后就足夠了，戴上防護(hù)面具以保護(hù)眼睛，如果戴 樹脂眼鏡就可以了。要是非常害怕紫外照射，或者對于膠有特殊要求，例如要 求不含 EB， 可以采用點(diǎn) marker 和帶刻度的尺子一起照相的方法來確定目的條 帶在膠上的位置進(jìn)行切膠。 4. 按照正常程序點(diǎn) marker 跑膠，然后切下有 marker 的膠，EB 染色，紫外燈 下與帶刻度的尺子一起照相。由于要回收的帶與 marker 間的相對位置已知， 根據(jù)尺子來衡量未染色膠上目的帶的位置即可。 如果覺得很難判斷， 可以直接 在 marker 邊點(diǎn)少量的樣，這樣位置就容易確定了。
